Công ty Đặc hứa Bắc Borneo có hai sứ mệnh. Thứ nhất, công ty phát triển kinh tế thông qua khai thác tài nguyên thiên nhiên trong vùng. Công ty được quyền sử dụng đất đai cho nông nghiệp, thúc đẩy nhập cư, khai mỏ và khai thác gỗ.[14] Thứ hai, căn cứ theo văn bản Đặc hứa Hoàng gia năm 1881 thì công ty này có trách nhiệm tôn trọng các quyền và phong tục của dân bản xứ.[15] Tuy nhiên trong thực tế, những chính sách và quy định nhằm tạo lợi tức của công ty thường giới hạn quyền của dân bản địa, đặc biệt là liên quan đến vấn đề đất đai.[15]

William Hood Treacher đặc biệt chú trọng vấn đề bãi bõ chế độ nô lệ.[16] Tuy nhiên, luật đất đai do ông này ban hành lại chẳng hề tôn trọng quyền đất đai truyền thống của cư dân bản xứ. Năm 1889, vị thống đốc thứ hai là Charles V. Creagh ban hành luật mới xem trọng quyền của dân địa phương hơn.[17]

Bên cạnh các nhiệm vụ trên, Công ty Đặc hứa Bắc Borneo còn phát triển thương mại, thiết lập các đồn điền, mở mang hệ thống chính quyền, tuyển mộ cảnh sát viên theo đạo Sikh từ Bắc Ấn Độ. Công ty này cũng xây dựng tuyến đường sắt từ Kota Kinabalu đến Weston và Melalap.